由于經(jīng)濟-能源-環(huán)境-氣候系統(tǒng)的整體性和強關聯(lián)性，對一個子系統(tǒng)的發(fā)展目標規(guī)劃及政策干預需充分考慮對其他相關子系統(tǒng)的直接和間接影響，將經(jīng)濟可持續(xù)發(fā)展與應對氣候變化、保證能源安全及改善環(huán)境質(zhì)量目標有機結合起來。我國當前的能源環(huán)境政策體系中除了為實現(xiàn)碳減排目標而建立的碳市場外，還包括其他政策目標與相應政策工具：節(jié)能目標與能效政策，可再生能源目標與可再生能源支持政策，大氣污染防治目標及相應的政策措施等。如“十二五”期間，我國關于能源、資源環(huán)境的約束性指標包括單位GDP 的碳排放下降17%，單位GDP 能耗下降16%，非化石能源比重提高至11.4%，二氧化硫排放量、COD 下降8%，氨氮和氮氧化物排放量下降10%，同時隨著霧霾問題的加重，很多地方又進一步把PM2.5 作為重要的控制指標。上述每個政策目標往往伴隨著相應的政策措施，由于這些政策的覆蓋主體范圍存在一定程度的交叉重疊，涉及的市場往往相互關聯(lián)，因此多個政策目標并非相互獨立，政策工具之間也存在一定的互動影響。多個政策工具的交叉并行存在相互促進的協(xié)同作用，如能效與節(jié)能政策在減少能源消費的同時降低了溫室氣體排放與污染物排放，可再生能源政策在增加可再生能源供給的同時替代了化石能源，從而間接減少了溫室氣體排放和污染物排放，減少大氣污染排放的措施也可以減少溫室氣體排放（如清潔能源汽車推廣等）。
 

多個政策工具交叉并行也存在相互抵觸的風險，甚至有可能導致部分政策工具失靈，并增加政策實施的社會總成本。假設一個經(jīng)濟系統(tǒng)中有6 類排放源（A、B、C、D、E和F），每類排放源的減排潛力及減排成本如圖3 所示。在完全市場條件下，如果我們單純采用碳交易機制來控制碳排放（圖3a），并設定減排目標為OQ，那么在碳市場均衡條件下，碳價格水平為P，社會總的減排成本為A+B+C+D；在第二種情境下（圖3b），引入碳交易機制的同時引入另一種政策工具，如對減排成本較高的排放源E的減排進行補貼，或者對其設定技術標準，從而使排放源E優(yōu)先減排，排放源E 同時受兩種政策工具的激勵。在總體減排目標保持不變的條件下，新的碳市場均衡價格將降低為P’，同時社會總的減排成本增加為A+B+C+E。