在流域的生態(tài)補償方面，地方的實踐主要集中在城市飲用水源地保護(hù)和行政轄區(qū)內(nèi)中小流域上下游間的生態(tài)補償問題，如北京市與河北省境內(nèi)水源地之間的水資源保護(hù)協(xié)作、廣東省對境內(nèi)東江等流域上游的生態(tài)補償、浙江省對境內(nèi)新安江流域的生態(tài)補償?shù)?。?yīng)用的主要政策手段是上級政府對被補償?shù)胤秸呢斦D(zhuǎn)移支付，或整合相關(guān)資金渠道集中用于被補償?shù)貐^(qū)，或同級政府間的橫向轉(zhuǎn)移支付。同時，有的地方也探索了一些基于市場機制的生態(tài)補償手段，如水資源交易模式。浙江省東陽市與義烏市成功地開展了水資源使用權(quán)交易，經(jīng)過協(xié)商，東陽市將橫錦水庫5000萬m3水資源的永久使用權(quán)通過交易轉(zhuǎn)讓給下游義烏市。在寧夏回族自治區(qū)、內(nèi)蒙古自治區(qū)也有類似的水資源交易的案例，上游灌溉區(qū)通過節(jié)水改造，將多余的水賣給下游的水電站使用。

 

在浙江、廣東等地的實踐中，還探索出了“異地開發(fā)”的生態(tài)補償模式。為了避免流域上游地區(qū)發(fā)展工業(yè)造成嚴(yán)重的污染問題，并彌補上游經(jīng)濟發(fā)展的損失，浙江省金華市建立了“金磐扶貧經(jīng)濟開發(fā)區(qū)”，作為該市水源涵養(yǎng)區(qū)磐安縣的生產(chǎn)用地，并在政策與基礎(chǔ)設(shè)施方面給予支持。2003年，該區(qū)工業(yè)產(chǎn)值5億元，實現(xiàn)利稅5000萬元，占磐安縣財政收入的40%。浙江還有另外5個市、縣也開展了或?qū)⒁_展類似的做法。