1991年以前，我國污水排放超標(biāo)收費(fèi)標(biāo)準(zhǔn)存在低于污水治理運(yùn)行費(fèi)用、收費(fèi)級差過于簡單以及收費(fèi)單價(jià)與超標(biāo)倍數(shù)不協(xié)同等缺陷。為使污水與噪聲排污費(fèi)征收標(biāo)準(zhǔn)與法規(guī)、標(biāo)準(zhǔn)配套，從而加強(qiáng)環(huán)境管理，原國家環(huán)保局、物價(jià)局、財(cái)政部于1991年聯(lián)合發(fā)布《關(guān)于調(diào)整超標(biāo)污水和統(tǒng)一超標(biāo)噪聲排污費(fèi)征收標(biāo)準(zhǔn)的通知》，調(diào)整超標(biāo)污水排污費(fèi)和統(tǒng)一噪聲排污費(fèi)征收標(biāo)準(zhǔn)。與此同時(shí)，在排污費(fèi)征收過程中，一些排污企業(yè)排放污水的濃度雖低于國家標(biāo)準(zhǔn)，但其污染排放總量以及對環(huán)境的損害程度甚至超過了那些超標(biāo)排污企業(yè)。為解決這一現(xiàn)實(shí)問題，原國家計(jì)委、財(cái)政部于1993年發(fā)布《關(guān)于征收污水排污費(fèi)的通知》，對未超標(biāo)的污水排放企業(yè)征收排污費(fèi)，首次體現(xiàn)總量控制的政策導(dǎo)向。另外，受到工業(yè)企業(yè)排放SO2影響，酸雨污染也日趨嚴(yán)重，對農(nóng)業(yè)、林業(yè)及建筑物產(chǎn)生嚴(yán)重危害。為加強(qiáng)對SO2排放的治理，同時(shí)籌集污染治理資金，1992年我國在一些酸雨污染嚴(yán)重并且具有一定經(jīng)濟(jì)承受力的地區(qū)進(jìn)行試點(diǎn)，對工業(yè)燃煤SO2排污行為實(shí)行征收排污費(fèi)。1998年發(fā)布的《關(guān)于在酸雨控制區(qū)和二氧化硫污染控制區(qū)開展征收二氧化硫排污費(fèi)擴(kuò)大試點(diǎn)的通知》（環(huán)發(fā)〔1998〕6號），擴(kuò)大了SO2排污費(fèi)的征收范圍，由原先的“兩省九市”擴(kuò)大到“兩控區(qū)”。同年5月，財(cái)政部、原國家計(jì)委與原國家環(huán)保總局聯(lián)合發(fā)布《關(guān)于在杭州等三城市實(shí)行總量排污收費(fèi)試點(diǎn)的通知》（環(huán)發(fā)〔1998〕73號），將杭州市、鄭州市、吉林市納入排污總量收費(fèi)的試點(diǎn)范圍。