由于我國(guó)目前實(shí)行的是分稅制財(cái)政管理體制，各級(jí)財(cái)政的支出范圍按照中央與地方政府的事權(quán)劃分，因而生態(tài)環(huán)境財(cái)政投入也是由中央財(cái)政和地方財(cái)政分別給予支持。為了引導(dǎo)地方加大地方環(huán)境保護(hù)，中央層面設(shè)立大氣污染防治、水污染防治專項(xiàng)、土壤污染防治等覆蓋各環(huán)境要素的治理資金，通過(guò)轉(zhuǎn)移支付方式給予地方支持，但中央財(cái)政支持事項(xiàng)多以補(bǔ)助地方為主，承擔(dān)的環(huán)境事權(quán)相對(duì)較少。另外，根據(jù)《中華人民共和國(guó)環(huán)境保護(hù)法》，當(dāng)前環(huán)境管理體系奉行的是屬地管理原則，即各級(jí)地方政府應(yīng)對(duì)自己所管轄區(qū)內(nèi)的環(huán)境質(zhì)量負(fù)責(zé)，受地方保護(hù)主義干預(yù)，中央財(cái)政在面對(duì)跨區(qū)域、跨流域的治污需求時(shí)的調(diào)控能力較弱，在應(yīng)承擔(dān)環(huán)境事權(quán)的范疇內(nèi)未有明確的政策措施。