2007年設(shè)立主要污染物減排專項資金，同年12月設(shè)立重點流域水污染治理專項資金；2008年設(shè)立農(nóng)村環(huán)境綜合整治專項資金，通過“以獎代補、以獎促治”對農(nóng)村污水垃圾處理等環(huán)境保護項目予以支持；2009年設(shè)立重金屬污染防治專項資金，重點支持污染源綜合整治、重金屬歷史遺留問題的解決、污染修復(fù)示范和重金屬監(jiān)管能力建設(shè)四類項目；2013年設(shè)立大氣污染防治專項資金，通過“以獎代補”方式支持重點領(lǐng)域防治大氣污染，同年設(shè)立江河湖泊生態(tài)環(huán)境保護專項資金，重點支持江河湖泊生態(tài)安全調(diào)查與評估、飲用水水源地保護等江河湖泊綜合治理項目；2015年整合“三河三湖”及松花江流域?qū)ｍ?、湖泊生態(tài)環(huán)境保護專項、江河湖泊治理與保護專項設(shè)立水污染防治專項資金，重點支持重點流域水污染防治、水質(zhì)較好江河湖泊生態(tài)環(huán)境保護等項目；2016年重金屬污染防治專項調(diào)整為“土壤污染防治專項”；2017年設(shè)立重點生態(tài)保護修復(fù)專項資金，支持山水林田湖草保護修復(fù)試點項目。截至2019年，基本形成了包括大氣、水、土壤、農(nóng)村等要素的環(huán)境保護專項資金的局面。